Pendant la période chrétienne, l’astrologie connaitra une situation ambigüe. Mise au ban de la société par l’Église, comme toutes les pratiques divinatoires, lors du concile de Tolède de l’an 447, elle est pratiquée dans les cours royales, et continue à être étudiée par les érudits, même religieux (Albert le Grand, maître de Thomas d'Aquin, est l’auteur d’un traité d’astrologie). Charles V s’occupait d’astrologie et fonda à Paris un collège d’astrologues. Louis XI consultait les siens en toutes circonstances. Catherine de Médicis avait fait élever en son hôtel (Hôtel de Soissons) une colonne du haut de laquelle elle consultait les astres avec Nostradamus. Elle avait un astrologue personnel, nommé Côme Ruggieri. Louis XIII fut surnommé le juste, parce qu’il était né sous le signe de la Balance. L’astrologie est également en faveur sous les empereurs Charles IV du Saint-Empire, et Charles Quint avait prescrit l’enseignement de cette science, ce que préconisaient d’ailleurs beaucoup d’hommes éminents de l’époque. Elle fut à l’honneur à Rome sous les papes Sixte IV, Jules II, Léon X, et Paul III.
À la Renaissance, la découverte de l’héliocentrisme du système solaire (qui paradoxalement a été imaginé et défendu par les astronomes / astrologues de l’époque) vient saper le fondement anthropocentriste de l’astrologie qui ne trouve plus sa place dans la nouvelle description du monde par la science. Pic de la Mirandole (puis Jérôme Savonarole reprenant les arguments de celui-ci) l’ont largement condamnée. On peut remarquer que ce n’est pas le cas d’astronomes comme Galilée et Kepler qui pratiquaient l’astrologie, de même que Tycho Brahé, ou Cassini, le premier directeur de l’Observatoire de Paris. Dans la préface de ses Tables Rudolphines, Kepler fait observer que l’astrologie, toute folle qu’elle est, est la fille d’une mère sage, et que la fille folle est indispensable pour soutenir et faire vivre sa mère. C’était encore vrai au temps de Kepler, qui était obligé de faire des horoscopes pour gagner sa vie.
En France, sous la pression des jésuites, Colbert la raye des disciplines académiques et en interdit l’enseignement en faculté en 1666. Le poste d’astrologue royal est supprimé à cette époque. Un Essai de justification de l’astrologie judiciaire (BM. Angoulême MS 23) 1696 ne sera jamais publié[réf. nécessaire].
En Angleterre, elle ne sera rayée des disciplines académiques qu’un siècle plus tard. Isaac Newton l’étudie encore en université, « pour voir ce qu’il y a de vrai ». De fait, les premières tables lunaires calculées ensuite d’après la théorie de Newton, furent d’abord destinées à servir aux observations des astrologues